Thị trấn Thanh Nhật được thành lập vào ngày 27 tháng 10 năm 2006 trên cơ sở điều chỉnh toàn bộ 1.580 ha diện tích tự nhiên và 2.751 người của xã Thanh Nhật.[3]

Đến năm 2019, thị trấn Thanh Nhật được chia thành khu phố Hạ Lang và 12 xóm: Đoỏng Hủ, Đoỏng Đeng, Đoỏng Hoan, Huyền Ru, Kéo Si, Nà Ến, Lũng Đốn, Ngườm Khang, Sộc Quân, Bó Rạc, Lũng Đốn, Đông Mu.

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, sáp nhập xóm Bó Rạc vào xóm Lũng Đốn.[4]